尿路結石的真正成因相當複雜，醫界至今並不能百分之百的確定，但可以確定的是有些內外在因素，的確左右著尿路結石的發生，像內在因素的泌尿系統本身解剖構造異常、感染發炎、新陳代謝失調等；外在因素如的年齡、性別、環境、季節、氣候、飲水、食物、職業等，統統都算是形成尿路結石的原因。

● 內在因素
1. 罹患疾病：副甲狀腺機能亢進症、手術外傷所造成的尿路狹窄、長期臥床者。
2. 泌尿系統：經常性泌尿道感染發炎、經常性尿滯留、尿路環境改變。
3. 服用藥物：服用利尿劑、阿斯匹靈、抗痛風藥物等藥物。

● 外在因素
1. 遺傳因素：通常白種人比黑種人易罹患結石，因此產生結石的機率與皮膚黑色素有關的說法，認為黑色素能阻擋紫外線，減少維生素D的活化，進而降低腸道對鈣質的吸收。再者，有尿路結石家族史者，其罹病機率較平常人提高三倍，也就是說為尿路結石的高危險群。
2. 年齡和性別：尿路結石好發於三十至五十歲的中年人身上，小孩及老人較少發生；而男性罹患機率約是女性的二至三倍，其真正原因不明。
3. 季節因素：夏季是尿路結石的「旺季」，這可能與夏季排汗多，相對使尿量變少、尿中草酸鈣濃度變高有關；另外夏季時民眾通常會食用較多的蔬菜與水果，這也會使尿中草酸變多，自然增加結石發生的可能。
4. 飲食因素：過度攝取乳酪製品、富含草酸的食物，如菠菜、咖啡、茶、巧克力、核桃，其維他命C、維他命D會導致鈣石的形成。而大量食用嘌呤食物（貝類、海鮮）也會導致尿酸石形成。
5. 職業及生活型態：在高溫環境下工作者較易得尿路結石，理由和季節因素類似；少運動的白領階級和暴飲暴食者，結石率也較高。有項數據統計指出，坐辦公桌的白領階級，其罹患尿路結石的機會是農夫的二十四倍。